毕业生签订就业协议应注意以下几个方面：
（1）要注意弄清用人单位是否具备合法的主体资格
只有具备合法主体资格的单位，才拥有录用毕业生的自主权，因此，毕业生签订就业协议前，要仔细了解用人单位的主体资格，以免上当受骗。
（2）双方协商条款的内容必须在备注栏中注明
在毕业生与用人单位洽谈中，必然会就一些具体问题进行协商，达成一致意见后，协商条款一定要在备注栏中书面说明，并由双方签字盖章。备注栏中需要注明的条款一般有以下两类：
一是关于工资福利待遇，住房条件，服务期限等等。这些条款的提出，有利于保护毕业生的自身权益，毕业生报到后与用人单位签订劳动合同时，不需要重复协商此类问题。
二是明确违约处理办法。毕业生就业协议书一经订立，任何一方都不得随意解除，否则就应承担违约责任，但由于各种各样的原因，违约现象也是客观存在的，为维护自身权益，有必要约定双方违约所要承担的责任，如规定违约金数额等等。这样一来，若用人单位提出违约，毕业生可获得一定的补偿，若毕业生提出违约，也可避免一些用人单位不允许违约或漫天要价，从而使自己处于被动状态。
三是考研出国问题。若毕业生考研待录或准备出国，与用人单位签订就业协议时，一定要注明“毕业生考研录取或办理出国手续后，协议自行解除”等相关内容，这样就可避免承担违约责任，避免造成经济损失或引起其他争议。